Fakultet islamskih nauka u Sarajevu je počeo sa radom 15. ševvala 1397/29. septembra 1977. godine pod imenom Islamski teološki fakultet u Sarajevu. U prethodnom periodu Fakultet se prilagođavao potrebama zajednice i zahtjevima vremena, što je rezultiralo izmjenama i dopunama nastavnog plana i programa i razuđivanjem studija. Tako je u akademskoj 1992/1993. godini teološkom odsjeku dodat i pedagoški.
Akademske 1994/1995. godine na Fakultetu je otvoren i postdiplomski studij.
Akademske 2002/2003. godine izvršena je temeljita reforma cjelokupnog dodiplomskog studija kada je studiji prilagođen bolonjskom procesu. Tada je na Fakultetu ustanovljeno osam katedri, i to:
- Katedra tefsira,
- Katedra hadisa,
- Katedra kiraeta i imameta,
- Katedra akaida,
- Katedra fikha,
- Katedra islamske kulture i civilizacije,
- Katedra pedagogije i psihologije, i
- Katedra jezika i književnosti.
Akademske 2006/2007. godine otvoren je treći odsjek za imame, hatibe i muallime, koji za razliku od prethodna dva odsjeka traje tri godine.
Na osnovu člana 17 Zakona o univerzitetu, Ministarstvo za obrazovanje, nauku, kulturu i fizičku kulturu SR Bosne i Hercegovine verificiralo je rad Fakulteta islamskih nauka u Sarajevu rješenjem broj: UP-I-03-612-227 dana 5. decembra 1991. godine.
Potpisivanjem Ugovora o međusobnim pravima i obavezama, 29. septembra 2004. godine Fakultet islamskih nauka u Sarajevu uključen je u Univerzitet u Sarajevu kao pridružena članica u sadašnjem ustrojstvu i sa zadržavanjem svojstva pravnog lica.
